盱眙位于淮河中下游，洪泽湖南岸，江苏省中西部，淮安市（原淮阴市）南端，居南京、扬州、淮安、宿迁等城市中心位置，且相距都在一百公里左右，扼江苏南北交通之要冲。总面积2482.7平方公里，人均面积列江苏省各县之首。
境内地势西南高，多丘陵，东北低，多平原，呈阶梯状倾斜，高差悬殊220多米，有低山、丘岗、平原、河湖圩区等多种地貌。
盱眙属北亚热带与暖温带过渡区域，季风性湿润气候，四季分明，光照、降水充足，土壤类型多种多样，酸碱度适中，小气候条件优越。
盱眙县独特的自然条件为动植物的孕育和繁殖提供了良好的生态环境，全县已查明的现存树种234种；鸟类51种；野生中药材多达600余种，收购量居全省之冠。从地域上看，南北药材均有，是江苏省重点野生药材产区。
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